最后的故事如下。

灰色的果实总共有5条线,每条线分别有一个Good End和一个Bad End 

入巢莳菜: BE:男主射杀了莳菜的母亲,但被随后赶来的保安打成重伤,第二天和莳菜碰面时由于伤势过重死在莳菜怀中。 

GE:男主最后关头犹豫,没能射杀莳菜的母亲,被随后赶来的保安击伤,第二天和莳菜汇合后两人逃往外地,最后莳菜开了一家面包店,同时继承了男主9029的称号,闲暇之余执行暗杀任务。 

周防天音：

BE：两人选择分开逃跑，男主被犯人击伤，天音挺身而出袭击犯人，但被打成重伤。男主最后成功杀死犯人，但天音死在他怀中。

GE：两人选择一起逃跑，男主设计戳瞎了犯人的眼睛，制服了犯人。犯人于一周后死于“事故”。男主和天音结婚，有了女儿，女儿后来也嫁人了，有了孙女。男主若干年后死于癌症，又过了几年，天音也在安详的表情中辞世。

小岭幸：

BE：幸觉得只有杀死自己才能彻底结束对母亲苏醒的恐惧，但是她下不了手，她冲出病房，结果像当年自己的父母一样被车撞死了。

GE：幸觉得只有杀死母亲才能彻底结束对母亲苏醒的恐惧，但是她下不了手，男主带她去了老家，结果她发现父母已经将机器全部卖掉，将仓库里贴满了充满三人幸福回忆的照片，并且给她留了一封信，他们已经换了工作，这样以后就能有更多时间陪她。幸终于明白原来自己一直被父母深爱着。

松岛满：

BE：小满去了医院之后突然有自杀倾向，饮入过量安眠药，虽然及时发现捡回一条命，但对大脑造成永久损伤，对一切事物都变得麻木。

GE：小满决定抹杀自己本来的人格，让另一个人格接管她的身体。男主强行唤醒她本来的人格，用假死的方式让她体会到死亡并不是一切的终结，永远不要选择逃避。最后小满两个人格都存活下来，同时还去看望了另一个人格生前的母亲。

榊由美子：

BE：两人选择继续逃亡。在逃亡了两年之后，由美子的父亲放弃了对他们的追逐，另外找了一个人做继承人，同时断绝了和由美子的父女关系。两人结婚生女，男主向由美子保证有朝一日让她和父亲和好。

GE：两人选择直面对抗。男主大胆地带着由美子回到学校，用商战的方式剥夺了由美子父亲在公司的职位，这样他就失去了让由美子强行继承的意义。

由美子父亲最后选择将资产全部转移给女儿，由美子拿着这笔钱创办了自己的企业，成为了明星企业家。两年后，男主去看望由美子父亲，告诉他有朝一日由美子也能拯救她。5年后，两人带着女儿外出写生，提到了和由美子父亲已经和好的事实。

灰色果实最后的故事 扩展

男主最后关头犹豫，没能射杀莳菜的母亲，被随后赶来的保安击伤，第二天和莳菜汇合后两人逃往外地，最后莳菜开了一家面包店，同时继承了男主9029的称号，闲暇之余执行暗杀任务。